华佗的医学著作是《青囊经》，未能流传于世。
另外他发明了麻沸散，创作了五禽戏。
华佗首创用全身麻醉法施行外科手术，被后世尊之为“外科鼻祖”。
他不但精通方药，而且在针术和灸法上的造诣也十分令人钦佩。
华佗到处走访了许多医生，收集了一些有麻醉作用的药物，经过多次不同配方的炮制，终于把麻醉药试制成功，他又把麻醉药和热酒配制，使患者服下、失去知觉，再剖开腹腔、割除溃疡，洗涤腐秽，用桑皮线缝合，涂上神膏，四五日除痛，一月间康复。因此，华佗给它起了个名字——麻沸。
华佗医学精神
华佗生活的时代，是在东汉末年三国初期。那时，军阀混乱，水旱成灾，疫病流行，人民处于水深火热之中。当时一位著名诗人王粲在其《七哀诗》里，写了这样两句：“出门无所见，白骨蔽平原”。目睹这种情况，华佗非常痛恨作恶多端的封建豪强，十分同情受压迫受剥削的劳动人民。为此，他不愿做官，宁愿捍着金箍铃，到处奔跑，为人民解脱疾苦。
华佗看病不受症状表象所惑，他用药精简，深谙身心交互为用。华佗并不滥用药物。华佗重视预防保健，“治人于未病”，观察自然生态，教人调息生命和谐。但对于病入膏肓的患者，则不加针药，坦然相告。
华佗不求名利，不慕富贵，使他得以集中精力于医药的研究上。《后汉书·华佗传》说他“兼通数经，晓养性之术”，尤其“精于方药”。人们称他为“神医”。他曾把自己丰富的医疗经验整理成一部医学著作，名曰《青囊书》，可惜没能流传下来。但不能说，他的医学经验因此就完全湮没了。因为他许多有作为的学生，如以针灸出名的樊阿，著有《吴普本草》的吴普，著有《本草经》的李当之，把他的经验部分地继承了下来。至于现存的华佗《中藏经》，那是宋人的作品，用他的名字出版的。但其中也可能包括一部分当时尚残存的华佗著作的内容。
华佗能批判地继承前人的学术成果，在总结前人经验的基础上，创立新的学说。中国的医学到了春秋时代已经有辉煌的成就，而扁鹊对于生理病理的阐发可谓集其大成。华佗的学问有可能从扁鹊的学说发展而来。同时，华佗对同时代的张仲景学说也有深入的研究。他读到张仲景著的《伤寒论》第十卷时，高兴地说：“此真活人书也”，可见张仲景学说对华佗的影响很大。华佗循着前人开辟的途径，脚踏实地开创新的天地。例如当时他就发现体外挤压心脏法和口对口人工呼吸法。最突出的，应数麻醉术—酒服麻沸散的发明和体育疗法“五禽之戏”的创造。
利用某些具有麻醉性能的药品作为麻醉剂，在华佗之前就有人使用。不过，他们或者用于战争，或者用于暗杀，或者用于执弄，真正用于动手术治病的却没有。华佗总结了这方面的经验，又观察了人醉酒时的沉睡状态，发明了酒服麻沸散的麻醉术，正式用于医学，从而大大提高了外科手术的技术和疗效，并扩大了手术治疗的范围。
