当地时间5月18日，南苏丹副总统马沙尔和他的妻子在一份声明中说，他们的新冠病毒检测结果呈阳性。
另外，副总统的办公室工作人员和保镖等人的测试结果也呈阳性。
马沙尔是南苏丹前最大反对派领导人，今年1月22日宣誓就任南苏丹过渡联合政府第一副总统。
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联合国南苏丹特派团(联南团)于当地时间5月13日发布消息称，南苏丹政府确认11日在首都朱巴的3号联合国平民保护营内出现2例新冠肺炎确诊病例。联南团表示，平民保护营中出现病例“并非出乎意料，因为在整个朱巴的各社区中确认的病例数不断在增加”，这意味着疫情在南苏丹的社区传播加重，增加了抗疫难度，这个世界上最年轻的国家将面临更大挑战。
根据联南团4月发布的数据，南苏丹各地的联合国平民保护营共有19万多名平民，其中在朱巴营地就有近3万人，这些人因为动乱和冲突逃离家园寻求联合国的保护，因此这些平民保护营也被民间称作难民营。
为抗击疫情，联南团通过广播为难民们普及防疫措施，例如保持安全社交距离、勤洗手，并在生病时自我隔离。联南团已为营地增加了供水量和洗手设施的数量，并提前分发给难民足够支撑三个月或数月的粮食，以减少难民出入营地和朱巴城镇购买物资的频次，尽量遵守防疫措施。
在南苏丹工作的国际援助人员表示，在南苏丹感染新冠肺炎发展为重症时，除了住在隔离中心外没有太多的治疗方法。
南苏丹于2011年从苏丹独立，是世界上最年轻的国家也是最不发达的国家之一。2013年底，总统基尔与副总统马沙尔之间因权力之争而暴发冲突，导致超过20万平民在联合国保护营寻求保护。
随着新冠肺炎疫情在非洲的蔓延，当地时间4月5日，南苏丹成为非洲第51个出现确诊病例的国家。截至目前，累计确诊病例达到了203例。
